Europoje pagal specialią programą veisiami karčiuotieji vilkai, Rotšildo žirafos, snieginiai leopardai, jūriniai ereliai, miškiniai šunys, ūdros, manulai, amūriniai tigrai, lūšys, perukinės tamarinos, tapyrai, kulanai, nykštukiniai begemotai ir stumbrai. Prie šių gyvūnų voljerų pakabintas žymuo, kad jie dalyvauja Europoje nykstančių rūšių veisimo programoje (EEP), ir pateikta papildoma informacija apie jų rūšies biologinius ypatumus. Ši Europos zoologijos sodų ir akvariumų asociacijos programa visame žemyne apima beveik 400 gyvūnų rūšių.
Lietuvos zoologijos sodas sėkmingai dalyvavo ir kitoms nykstančioms rūšims – baliniams vėžliams, didiesiems apuokams ir lūšims gausinti skirtuose projektuose. Per keletą pastarųjų metų šiame sode buvo išveisti 6 didieji apuokai ir 4 lūšys. Šie gyvūnai po tam tikro adaptacinio laikotarpio išleisti į laisvę. Praėjusią liepą šalies balinių vėžlių populiaciją papildė ir šiame zoologijos sode išaugintas 101 vėžliukas.
Pernai čia vėl buvo išveista lūšies patelė, du perukinių tamarinų jaunikliai. Nors kilnieji ereliai, kurie yra įtraukti į nacionalinę raudonąją knygą, nelaisvėje veisiasi retai, tačiau Lietuvos zoologijos sodas išaugino jau penktą jauniklį. Sodo darbuotojai, sudarę perspektyvias gausinimui snieginių leopardų, amūrinių tigrų, jūrinių erelių ir palšųjų grifų poras, tikisi jų palikuonių.
